生物信息学
# 生物信息学
生物信息数据库大致分为7类
**第一，**编码基因与疾病表型关联数据库，主要提供蛋白质编码基因与人类疾病表型之间关联信息的数据库；
**第二，**ncRNA与疾病表型关联数据库，主要提供与疾病相关的非编码RNA信息的数据库；
**第三，**基因组变异与疾病表型关联数据库，主要提供基因组变异信息与疾病的表型相关联信息的数据库；
**第四，**人群基因组数据库着重于提供世界范围的临床基因组变异和不同人群的等位基因频率；
**第五，**遗传相关疾病生物模型数据库，提供基因型和实验室生物的表型/疾病之间的关联信息的数据库；
**第六，**基因与环境暴露和疾病表型关联数据库，提供基因型、环境暴露因子与疾病表型之间关联信息的数据库；
**第七，**基因与药物和疾病表型关联数据库，提供基因型、药物与疾病表型之间关联信息的数据库；
数据库URLs:
编码基因疾病数据库:
OMIM:https://omim.org/
Orphanet:http://www.orpha.net/consor/cgi-bin/index.php
Gene2phenotype:http://www.ebi.ac.uk/gene2phenotype/
DIDA:http://dida.ibsquare.be/
DiseaseMeth version 2.0:http://bioinfo.hrbmu.edu.cn/diseasemeth/
MethHC:http://methhc.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php
非编码RNA疾病数据库:
miRbase:http://www.mirbase.org/
NONCODE:http://www.bioinfo.org/noncode/
LNCipedia:https://lncipedia.org/
lncRNAdb 2.0:http://www.lncrnadb.org/
HMDD v2.0:http://www.cuilab.cn/hmdd
miR2Disease:http://www.mir2disease.org/
LncrnaDisease:http://www.cuilab.cn/lncrnadisease
Lnc2Cancer:http://www.biobigdata.net/lnc2cancer
NSDNA:http://www.bio-bigdata.net/nsdna/
circRNADisease:http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/
基因组变异数据库
HGMD:http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.php
Clinvar:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/
VarCards:http://varcards.biols.ac.cn/
GWAS Catalog:http://www.ebi.ac.uk/gwas/home
GWASdb:http://jjwanglab.org/gwasdb
GWAS Central:http://www.gwascentral.org/
COSMIC:http://cancer.sanger.ac.uk
LOVD3.0:http://www.lovd.nl/3.0/home
MITOMAP:https://www.mitomap.org/MITOMAP
Denovo-db:http://denovodb.gs.washington.edu
CIViC:https://civicdb.org/home
lncRNASNP2:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP2#!/
LincSNP2.0:http://210.46.80.146/lincsnp/
SNP2TFBS:http://ccg.vital-it.ch/snp2tfbs/
miRdSNP:http://mirdsnp.ccr.buffalo.edu/search.php
miRNASNP:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/miRNASNP2/
人群基因组数据库
dbSNP:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/
1000Genome:http://www.internationalgenome.org/
ExAC:http://exac.broadinstitute.org/
ESP:https://esp.gs.washington.edu/drupal/
Kaviar:http://db.systemsbiology.net/kaviar/
遗传疾病生物模型数据库
MGD:http://www.informatics.jax.org
MouseNet v2:http://www.inetbio.org/mousenet/
Human-Mouse Disease Connection at MGI:http://www.informatics.jax.org/diseasePortal
MTB:http://tumor.informatics.jax.org
RGD:http://rgd.mcw.edu
Disease portals at RGD:https://rgd.mcw.edu/wg/portals/
ZFIN:http://zfin.org/
Rhesus monkey:http://www.rhesusbase.org/
Dog:https://research.nhgri.nih.gov/dog_genome/
Chicken:http://geisha.arizona.edu/geisha/
Drosophila:http://flybase.org/
C. elegans:http://www.wormbase.org/#012-34-5
环境暴露与疾病表型数据库
CTD:http://ctdbase.org/
CEBS:https://www.niehs.nih.gov/research/resources/databases/cebs/
ExposomeExplorer:http://exposome-explorer.iarc.Fr
miREnvironment:http://www.cuilab.cn/miren
SM2miR:http://bioinfo.hrbmu.edu.cn/SM2miR/
LncEnvironmentDB:http://bioinfo.hrbmu.edu.cn/lncefdb/
DLREFD:http://chengroup.cumt.edu.cn/DLREFD
靶向药物数据库
TTD:https://db.idrblab.org/ttd/
DrugBank 4.0:https://www.drugbank.ca/
ChEMBL:https://www.ebi.ac.uk/chembl/
PharmGKB:https://www.pharmgkb.org/
DrugCentral:http://drugcentral.org/
DGIdb:http://www.dgidb.org/
U.S. Food and Drug Administration(FDA):http://www.fda.gov
CancerPPD:http://crdd.osdd.net/raghava/cancerppd/index.php
PharmGKB:https://www.pharmgkb.org/
