骨科感染mNGS

骨科感染mNGS

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骨科感染检测历程

骨科感染的来源

传统骨科感染微生物检测技术

• 传统的方法一一微生物培养（目前最常用方法）
• 脓液、关节液一一痰杯，血平板培养
• 组织一一取坏死组织，简单剪碎，血平板培养
• 时间长一一3-21天
• 培养阳性率低一一30-50％
• 原因一一抗生素、生物膜、苛养、送检流程、培养方法．

优化微生物培养方法

可以实现70-90%

现代分子诊断技术

不依赖培养的微生物诊断技术——PCR技术

PCR技术一一检测样本中特异的病原核酸，提高检测阳性率

"靶向"钓鱼
固有缺陷——检测病原体种类有限，需预先判断可能的病原种类

二代测序技术

宏基因组二代测序mNGS

与传统骨科感染微生物检测技术相比，mNGS技术的特点：

• 无需检验前的假设
• 检测所有核酸序列
• 病原种类超过万种
• 自动化高涌量检测

mNGS进入临床应用

什么样的病人送检

mNGS 在骨科感染患者应用的适应症：

• ①病情危重或紧急，需要尽快明确病原体 ；
• ②可疑感染，但传统微生物检测技术反复阴性；
• ③根据培养结果治疗效果不佳，考虑混合感染或培养污染可能；
• ④疑似特殊病原体感染 ；
• ⑤可疑骨关节感染，获取的标本量较少，预计培养困难。

mNGS可提高骨科感染疾病微生物检出率，可检出少见病原、难培养病原及混合感染病原

如何正确留取标本

·留取mNGS检测标本的原则：

• 应用抗生素前，或停用抗生素一定时间后（若病情允许）
• 尽量直接取病灶部位样本。尽量取闭合腔隙内标本
• 取样前充分消，取样地点需无菌性高〔如：手术室）
• 术中样本净度“优于术前穿刺样本（经皮肤带来污染）
• 有条件，标本均留存冻存于．80度，以防“万一

关节液	组织	超声裂解液
>1ml，无菌冻存管、痰杯	花生米大小，冻存管/痰杯	沉渣液>1ml

mNGS本地化平台

转运需要-20℃干冰

mNGS本地化平台的建立，可以省去运输时间，更快得到检测结果。

湿实验	干实验

mNGS报告解读

类型	实例
理想报告结果
往往报告结果
原始对比结果

背景/污染微生物的来源

• 皮肤、皮下
• 采样环镜
• 实验室环境
• 试剂固有
• 同批次其他样本
• 定植菌

无菌标本中的疑似背景菌

• 采样及实验环境中的微生物序列；
• 人体中非致病微生物的序列；
• 短序列模糊比对导致的同源性匹配；

■闭合腔隙样本（关节腔、髓腔等）：

• 标本洁净度高，背景简单
• Reads数量越高，致病菌可能性越大
• 发现多种皮肤、呼吸道致病菌，需考虑实验污染

■开放部位样本（合并窦道、与口腔/肠道相邻等）：

• 标本背景复杂、解读困难
• 必要时行相邻部位样本mNGS检测，去除背景

质控很重要！

检出序列数（reads数）指的是匹配到该病原体的序列数目

报告原则：

1. 设定reads数阈值，寄生虫序列数＞100，其他病原体序列数＞3（结核＞1）
2. 按照reads数降序排列
3. 检出序列数：降序排列（检出序列数越高，致病可能性越大）